Может ли теряться текстовый слой при преобразовании PDF в PDF-1а?
Может. В настройках преобразования PDF в PDF/A есть пункты «Convert pages with problems into images» и «Convert all pages into images». Перед началом преобразования надо убрать галочки для этих пунктов (они выбраны по умолчанию).